El INEE es el organismo encargado de coordinar las evaluaciones externas internacionales, en colaboración con la OCDE en PISA, PISA for schools, TALIS, PIAAC y con la IEA en PIRLS, TIMSS, ECES.
El INEE desde 1995 en colaboración con las administraciones educativas de las comunidades autónomas, es el encargado de elaborar la evaluación general del sistema educativo, de las etapas Primaria y Secundaria y de publicar numerosos informes y estudios que recogen los resultados.
El INEE se encarga del Sistema Estatal de Indicadores de la Educación, en colaboración con las CC.AA., así como de la coordinación y la participación en los indicadores de la OCDE, y en el seguimiento de los objetivos de la Estrategia Educación y Formación 2020 de la Unión Europea.